クリニックを開業するとき、従業員の社会保険（健康保険・厚生年金保険）に加入する必要があるのか。この判断は、開業前後の労務手続きの中でも早い段階で必要になります。
結論から言えば、個人開業のクリニックは、従業員が常時5人未満であれば加入義務はありません。法律上の義務として求められるのは、常時5人以上を使用する場合です。
ただし、義務がないことと、加入しなくてよいことは別です。常勤スタッフを採用するのであれば、任意適用という手続きを使って加入するかどうかの判断が必要になります。そしてこの判断は、採用のスケジュールにも影響します。
この記事では、加入義務の判定、任意適用という選択肢、そして採用から逆算したときに何が問題になるのかを、順に整理します。
1. 医療法人は設立と同時に加入。判断が必要なのは個人開業クリニック
最初に、自院がどちらに当てはまるかを確認します。
医療法人（社団法人・財団法人も含める）の場合、従業員数に関係なく加入義務があります。法人の事業所は、常時従業員を使用していれば適用の対象となり、人数の要件がありません。理事長1人であっても対象です。したがって、法人化しているクリニックでは、加入するかどうかの判断そのものが発生しません。
判断が必要になるのは、個人開業のクリニックです。個人の事業所は、常時5人以上の従業員を使用する場合に加入義務が生じます。5人未満であれば義務はなく、加入するかどうかを院長が選ぶことになります。
以降は、この個人開業のクリニックを前提に進めます。
2. 「常時5人以上」は誰を数えるのか
加入義務があるかどうかは、従業員が常時5人以上かどうかで決まります。この5人をどう数えるかが、最初の判断になります。
事業主本人は含まない
院長自身は、この5人に含まれません。個人開業の場合、院長は事業所に使用される者ではなく事業主だからです。
同じ理由で、院長自身は社会保険の被保険者にもなりません。加入義務が生じた場合でも、被保険者になるのは従業員だけで、院長は国民健康保険（または医師国保）と国民年金に加入したままです。ここは開業医が誤解しやすい点です。（最初から法人の場合は、健康保険・厚生年金に加入となります。）
したがって、院長のほかに看護師2名、医療事務2名の計4名を雇用している場合、従業員は4人。5人には届きません。
パートも条件を満たせば1人と数える
数えるのは常勤スタッフだけではありません。1週の所定労働時間および1月の所定労働日数が、通常の労働者の4分の3以上であるパートは、1人として数えます。
たとえば常勤の所定労働時間が週40時間のクリニックであれば、週30時間以上勤務するパートは4分の3を満たすため、1人に算入されます。
この4分の3という基準は、5人を数えるときだけでなく、個々の従業員が被保険者になるかどうかを判定するときにも使います。加入義務が生じた場合、4分の3を満たす人が被保険者となり、満たさない人は対象外です。
そのため、常勤4名にパートを加えていくと、パートの勤務時間次第で5人に到達します。院長の感覚では「常勤は4人だけ」でも、制度上は5人以上になっている場合があるということです。
なお、医療機関では「常勤」という言葉を医療法や施設基準の文脈で使うことが多いのですが、社会保険の判定に使う基準はこれとは別のものです。ここを混同すると判定を誤ります。詳しくは常勤の社会保険加入、医療法の「常勤32時間」で判断してはいけない理由で扱っています。
「常時」は事業の通常の状態で見る
「常時5人以上」の常時とは、事業の通常の状態を指します。一時的に人数が増減したことで、適用の有無が頻繁に入れ替わるわけではありません。
繁忙期に一時的にパートを増やして5人になった、逆に退職者が出て一時的に4人になった、といった変動で判定が動くものではなく、事業の通常の運営体制として何人を要するかで判断します。
開業時は、実態で判断する
開業前の段階では、まだ従業員がいません。この場合、採用予定者を含めた見込みではなく、実際に雇用している実態で判断します。
開業時に4人でスタートし、その後スタッフを増やしていくクリニックであれば、開業時点では加入義務がありません。5人に到達した時点で義務が生じます。
医業は適用業種に含まれる
個人事業所の場合、業種によって扱いが異なる点にも注意が必要です。クリーニング業、飲食店、農業、漁業などは、5人以上でも加入義務の対象外とされています。
医業はこの対象外の業種には含まれません。5人以上になれば、加入義務が生じます。
3. 5人未満でも加入できる。任意適用という選択肢
従業員が5人未満で加入義務がない場合でも、申請して認可を受ければ社会保険に加入できます。これを任意適用といいます。
義務がないから加入できない、というわけではありません。院長が加入を選べる、という位置づけです。
従業員の半数以上の同意が必要
任意適用は院長が単独で決められるものではなく、被保険者となるべき従業員の2分の1以上の同意が必要です。
同意の対象になるのは、被保険者の要件を満たす従業員です。第2章で見た4分の3基準を満たさない短時間勤務のスタッフは、同意を数える母数には入りません。
保険料は労使折半で、加入すれば従業員の手取りは減ります。そのため同意が要件とされていますが、実際には、社会保険への加入を希望して入職しているスタッフであれば、同意が得られないという状況は考えにくいところです。
認可されると、全員が加入対象になる
ここは誤解しやすい点です。認可を受けた場合、加入に同意しなかった従業員も含めて（常勤と所定労働時間が常勤の3/4以上のスタッフ）、要件を満たす従業員は全員が被保険者になります。
「希望する人だけ加入させる」「一部のスタッフは対象外にする」といった運用はできません。任意適用は事業所単位の話であり、個々の従業員が選べるものではないためです。
健康保険と厚生年金or医師国保と厚生年金
任意適用でもうひとつ知っておきたいのが、健康保険と医師国保のどちらかを選ぶこともできるという点です。日本年金機構も、任意適用の申請によって健康保険・厚生年金保険か医師国保・厚生年金のいずれかを選択して加入できると案内しています。
強制適用の事業所では、原則として健康保険にに加入します。
医療機関にとって、これは実際に意味を持つ選択肢です。医師国保に加入しているクリニックであれば、健康保険は医師国保を維持したまま、厚生年金保険だけを任意適用するという組み方が考えられます。
ただし、医師国保と協会けんぽのどちらが従業員にとって有利かは、保険料の水準だけでなく、傷病手当金や出産手当金といった給付の有無によっても変わります。この論点はクリニックの従業員は医師国保か協会けんぽか？院長と分けて選べる仕組みと、産休・病休で生じる差で扱っています。
一度加入すると、簡単には抜けられない
任意適用は、入るときより抜けるときのほうがハードルが高く設定されています。
加入の同意が2分の1以上であるのに対し、取消（脱退）には被保険者の4分の3以上の同意が必要です。そして取消が認可されると、これも同意しなかった従業員を含めて全員が資格を喪失します。
保険料の負担が重いという理由で院長が一方的に脱退することはできない、という構造です。任意適用を選ぶかどうかは、一度入れば続く前提で判断する必要があります。
4. 常勤を採用するなら、任意適用は採用より先に考える
ここまでは制度の話です。しかし実際に判断を迫られるのは、常勤スタッフを採用しようとしたときです。
常勤で働く人は、社会保険を前提にしているかも・・・
看護師や医療事務として常勤で働く人の多くは、前職で社会保険に加入していました。転職先で国民健康保険と国民年金に切り替わるのは、本人にとって条件の引き下げになります。
保険料が全額自己負担になるだけでなく、傷病手当金や出産手当金といった給付が受けられなくなります。女性比率の高い職種では、この差は小さくありません。
求人においても、社会保険の有無は応募の判断材料になります。開業時の資金計画では法定福利費を抑えたいところですが、常勤を採用する前提であれば、加入しないという選択は採用面での制約になります。
つまり、制度上は義務がなくても、採用市場の側から加入を求められる構造があるということです。
任意適用は、認可された日から加入になる
そのうえで、任意適用には強制適用にはない制約があります。
任意適用の資格取得日は、厚生労働大臣の認可を受けた日です。日本年金機構も、任意適用の適用年月日（被保険者の資格取得年月日）は認可を受けた日になると案内しています。
強制適用であれば、要件を満たした日や入職日を基準に資格を取得します。しかし任意適用では、申請して認可が下りるまで加入できません。申請中の期間は、まだ社会保険の被保険者ではないということです。
認可までにどれくらいかかるかは、わからない
ここが実務上の難しさです。
任意適用の申請は、提出時期について「従業員の2分の1の同意後、速やかに」とされているだけで、認可までの標準的な処理日数は公表されていません。
加えて、通常の届出より添付書類が多くなります。任意適用同意書のほか、事業主世帯全員の住民票原本（個人番号の記載がないもの、提出日から90日以内に発行されたもの）、公租公課の領収書（原則1年分）が必要です。領収書は所得税、事業税、市町村民税、国民年金保険料、国民健康保険料が対象とされています。
開業したばかりの段階では、これらの納付実績が1年分揃わないことがあります。その場合の取り扱いは、実際に納付が発生している税目の納付書を提出する、申立書を添えるといった対応になりますが、具体的な扱いは管轄の年金事務所の指示によります。
書類を揃える段階で時間がかかり、そこから認可を待つ。この期間が事前に読めないというのが、任意適用の実情です。
採用スケジュールとのズレが生じる
以上を組み合わせると、次のような状況が起こり得ます。
求人票に社会保険の加入を記載してスタッフを募集し、内定を出し、入職日が決まる。しかし任意適用の認可がまだ下りていないため、入職日の時点では加入できていない。
これは強制適用の事業所には起きない、任意適用に特有の問題です。入職日と資格取得日がずれる可能性を、採用の段階で織り込んでおく必要があります。
対応としては、採用活動と並行して申請するのではなく、申請を先行させておくという判断が考えられます。少なくとも、開業スケジュールを組む段階で任意適用を検討事項に入れ、必要書類と見込みについて管轄の年金事務所に相談しておくことが現実的です。
労働条件を提示する際に、加入時期について正確に伝えられるかどうかも、後々のトラブルを避ける意味で重要になります。
5. 任意適用の手続きは、どう進めるか
任意適用を選ぶと決めた場合、実際の手続きは次のように進みます。
提出先と提出方法
申請先は、事務センターまたは管轄の年金事務所です。提出方法は電子申請、郵送、窓口持参のいずれも可能です。
窓口に出向かなければならない手続きではありません。ただし、書類の内容や開業直後の状況について相談が必要になる場面はあるため、事前に管轄の年金事務所に確認しておくと進めやすくなります。
準備する書類
提出するのは、健康保険・厚生年金保険 任意適用申請書と、以下の添付書類です。
- 任意適用同意書／従業員の2分の1以上の同意を得たことを証する書類です。日本年金機構が様式の例を公開しています。
- 事業主世帯全員の住民票原本／個人番号（マイナンバー）の記載がないものが必要です。提出日からさかのぼって90日以内に発行されたものとされているため、早く取りすぎると使えなくなります。世帯全員分となることに注意。
- 公租公課の領収書（原則1年分・コピー可）／所得税、事業税、市町村民税、国民年金保険料、国民健康保険料が対象です。
住民票については、他の書類の準備状況を見て取得するのが安全です。なお、クリニックの所在地が院長の住民票の住所と異なる場合は、賃貸借契約書の写しなど、所在地を確認できる書類を別途添付します。テナントで開業する場合は該当します。
公租公課の領収書は、領収書の代わりに未納がないことを証明する公的な書類を添付する場合、原本の提出が必要になります。前章で触れた通り、開業直後は1年分が揃わないことがあります。実際に納付が発生している税目の納付書を提出する、申立書を添えるといった対応になりますが、扱いは管轄の年金事務所の指示によります。ここは事前相談が必要な箇所です。
電子申請を使う場合
電子申請そのものは可能で、公租公課の領収書は画像ファイル（JPEG形式）での添付が認められています。
ただし、事業主が自分で電子申請を行うには、GビズIDプライムのアカウントが必要です。開業準備と並行して取得しておかなければ、開業後すぐに使うことはできません。
そして電子申請は、届出のたびに様式を選び、添付書類を電子化し、システムの操作に慣れる必要があります。任意適用申請は通常の届出より添付書類が多いため、手続きに慣れていない状態で電子申請から始めるのは負担が大きいのが実情です。
書面で進める場合は、書類を揃えて郵送または持参することになります。こちらも、住民票の取得、領収書の収集、同意書の作成と、複数の準備が並行します。
どちらの方法でも、開業直後の院長が診療の合間に進めるには相応の時間がかかります。社会保険労務士に委託する場合は電子申請で進めることが多いですが、それでも添付書類の準備には院長自身の関与が必要です。
他の手続きと並行することを前提に
開業直後は、社会保険だけが手続きの対象ではありません。
従業員を雇用すれば、労働基準監督署への労働保険関係成立届、ハローワークへの雇用保険適用事業所設置届も必要になります。これらは提出先も期限も別であり、労働基準監督署での手続きを終えてからでないとハローワークの手続きに進めないという順序の制約もあります。
さらに、開業直後は最も診療所を空けにくい時期でもあります。任意適用の手続きだけを切り離して考えるのではなく、開業前後に発生する手続き全体の中で、どこに時間を配分するかを設計しておく必要があります。
6. 加入しない場合、従業員はどうなるか
任意適用を選ばない場合、従業員は自分で国民健康保険と国民年金に加入します。ここで生じる差を整理します。
傷病手当金と出産手当金がない
最も大きいのがこの差です。
健康保険には、病気やケガで働けない期間の所得を保障する傷病手当金と、産前産後休業中の所得を保障する出産手当金があります。国民健康保険には、原則としてこれらの給付がありません。
制度上は任意給付とされており、条例を定めれば実施できる建て付けです。しかし国会に提出された質問主意書でも、市町村国保では条例の制定が必要なため実施市町村はゼロであると指摘されています。実際には支給されないものとして考える必要があります。
医療機関で働く常勤スタッフには女性が多く、産前産後休業を取得する場面も想定されます。出産手当金の有無は、本人にとって具体的な金額の差になります。
なお、医師国保などの国民健康保険組合では、組合によって傷病手当金や出産手当金を独自に給付している場合があります。市町村国保とは扱いが異なるため、この点は医師国保と協会けんぽの選択で産休・病休に生じる差で扱っています。
保険料を全額自分で負担する
健康保険と厚生年金保険の保険料は、事業主と被保険者が折半して負担します。国民健康保険と国民年金は、本人が全額を負担します。
同じ収入であれば、加入しない場合のほうが本人の負担は重くなる場合があります。事業所側から見れば法定福利費が発生しないということですが、その分は従業員側の負担に移っているという構造です。
将来の年金額が変わる
厚生年金保険に加入していれば、国民年金に上乗せして厚生年金が支給されます。加入しなければ国民年金のみです。
差が出るのは老齢年金だけではありません。障害年金や遺族年金についても、厚生年金の加入期間中の事由であれば、国民年金の給付に上乗せがあります。在職中に何かあったときの保障という点でも差が生じます。
制度上は問題なくても、条件として比較される
加入しないこと自体は、5人未満であれば法令違反ではありません。
ただし転職してくる常勤スタッフは、前職の条件と比較します。傷病手当金がない、出産手当金がない、保険料が全額自己負担になるという差は、労働条件の一部として受け取られます。加入しないという判断をするのであれば、この点を採用の場面でどう説明するかもあわせて考えておく必要があります。
7. 加入義務は、後から発生する
開業時に5人未満であっても、その状態が続くとは限りません。加入義務が後から生じる場面は2つあります。
従業員が常時5人以上になったとき
5人に到達した時点で、加入義務が生じます。この場合は任意適用ではなく強制適用となり、従業員の同意も認可も必要ありません。新規適用届を提出します。
注意すべきは、第2章で見た通り、パートも4分の3基準を満たせば1人と数えることです。常勤スタッフを増やしていなくても、パートの勤務時間を延ばした結果として5人に到達している場合があります。
院長の感覚では「常勤は4人のまま」でも、制度上は要件を満たしている。この状態に気づかないまま推移するのが、最も避けたいパターンです。シフトや勤務時間を変更したときは、5人の判定に影響しないかを確認する必要があります。
医療法人化したとき
医療法人を設立すれば、従業員数に関係なく強制適用となります。法人の事業所には人数の要件がないためです。
個人クリニックから法人化する場合、事業所としては別のものになるため、個人事業所側の手続きと法人としての新規適用の手続きが必要になります。法人化を検討する段階で、社会保険の手続きも計画に入れておくことになります。
未加入のまま推移した場合
加入義務があるにもかかわらず届出をしていない場合、年金事務所から指導が行われます。
この場合、要件を満たした時点にさかのぼって適用されることも考えられます。さかのぼった期間の保険料は事業主が納付することになり、従業員負担分についても、事業主が一括して納付を求められます。
保険料は労使折半が原則ですが、過去にさかのぼった分について、退職した従業員から本人負担分を回収することは現実には困難です。未加入の状態を放置することは、後から想定外の負担を生みます。
8. よくある質問
Q. 院長自身は社会保険に加入できますか
加入できません。個人クリニックの場合、院長は事業所に使用される者ではなく事業主にあたるため、被保険者になりません。従業員が加入しても、院長は国民健康保険（または医師国保）と国民年金のままです。
医療法人化して理事長になった場合は、法人に使用される者となるため扱いが変わります。
Q. 院長の家族が働いている場合、5人に数えますか
個人開業の場合、院長の配偶者は原則として被保険者にならないと考えておくのが現実的です。
法律上の建前としては、他のスタッフと完全に同じ勤務実態・給与管理を行っていれば例外的に加入できる規定もあります。しかし実務上、年金事務所の審査は極めて厳格です。個人事業主の配偶者は原則として被保険者になれず、国民健康保険・国民年金のままになると捉えておくほうが実態に合います。
なお、これは労働保険とは別の話です。雇用保険にも同居の親族に関する取扱いがありますが、根拠も判断の枠組みも異なります。社会保険と労働保険を同じものとして考えると、判断を誤ります。
医療法人化して配偶者が役員になった場合は、法人に使用される者となるため扱いが変わります。
Q. パートだけを社会保険に入れないことはできますか
勤務時間の実態によります。通常の労働者の4分の3未満の勤務であれば、そもそも被保険者になりません。しかし4分の3以上勤務しているパートを、本人や事業主の希望で対象から外すことはできません。
社会保険の加入は、本人の希望ではなく勤務の実態で決まります。
Q. 週20時間以上働くパートも加入対象になると聞きましたが
現時点では、規模の大きい事業所が対象です。短時間労働者への適用拡大は、一定の従業員数を超える事業所を対象に段階的に進められてきました。個人クリニックがその規模に該当することは通常ありません。
ただし、この企業規模の要件は今後撤廃される方向で改正が進んでいます。適用の範囲は変わっていく前提で、最新の情報を確認してください。
Q. 開業と同時に任意適用の申請はできますか
申請自体は可能ですが、添付書類の準備が問題になります。公租公課の領収書が原則1年分必要とされているため、開業直後は揃わない場合があります。
実際に納付が発生している税目の納付書を提出する、申立書を添えるといった対応になりますが、取り扱いは管轄の年金事務所の指示によります。開業前に相談しておくことをおすすめします。
まとめ
社会保険の加入義務は、個人開業のクリニックでは従業員が常時5人以上かどうかで決まります。5人未満であれば義務はありません。数えるときは院長自身を含めず、通常の労働者の4分の3以上勤務するパートは1人として数えます。
義務がない場合でも、任意適用の申請によって加入できます。従業員の2分の1以上の同意が必要で、認可を受ければ同意しなかった従業員も含めて全員が加入します。健康保険と厚生年金保険は、どちらか一方だけを選ぶこともできます。
判断が必要になるのは、常勤スタッフを採用するときです。任意適用は認可を受けた日が資格取得日になるため、申請から加入までに時差が生じます。認可までの期間に定めはなく、添付書類も通常の届出より多くなります。採用のスケジュールと並行して進めるのではなく、先に検討しておく必要があります。
社会保険の適用範囲は改正が続いている分野です。短時間労働者の適用拡大も段階的に進んでいます。この記事は2026年8月時点の内容ですので、実際の判断にあたっては日本年金機構や管轄の年金事務所で最新の情報をご確認ください。
開業の準備と並行して手続きを進めるのは負担の大きい作業です。判断に迷う場合や、手続きの見通しが立たない場合は、管轄の年金事務所や社会保険労務士にご相談ください。
